Het Harmonieorkest van de Koninklijke Harmonie Sainte Cécile Eijsden telt 110 spelende leden. Het Harmonieorkest is opgebouwd uit koper- en houtinstrumenten, slagwerk en contrabas. Tijdens concerten worden vaak celli toegevoegd. Het orkest komt uit in de hoogste afdeling; de ‘Concertafdeling’. Het Harmonieorkest heeft door de jaren heen bewezen een gerenommeerd en stabiel orkest te zijn. Vanaf de oprichting werden tijdens concoursen in binnen- en buitenland uitsluitend eerste prijzen of eerste prijzen met onderscheiding gehaald. Momenteel staat het korps onder leiding van dirigent Jan Cober. Sainte Cécile is de enige amateurvereniging waar Jan Cober dirigent is.

Het Harmonieorkest heeft een tweeledige functie. Op de eerste plaats geeft het orkest tal van concerten in binnen- en buitenland. Deze concerten worden zowel gegeven door het voltallige orkest, alsook door kleine bezettingen. Ensembles uit de verschillende groepen spelen daarnaast ook kamermuziek. Op de tweede plaats heeft het Harmonieorkest een belangrijke functie bij straatoptredens. Het Harmonieorkest geeft samen met het Trommel- en Klaroenkorps op passende wijze invulling aan kerkelijke, feestelijke en/of culturele evenementen in de regio en ver daarbuiten. Ook nemen zij gezamenlijk deel aan taptoes in binnen- en buitenland.